Kontroversi yang besar mengenai Wikileaks laman web dan nama kedekatannya dengan Wikipedia telah menyebabkan ramai mempersoalkan apakah hubungan antara kedua-dua tapak tersebut. Jawapan ringkas kepada soalan itu tidak ada apa-apa. Wikileaks tidak semestinya terhubung dengan Wikipedia atau Wikimedia. Tidak seperti Wikipedia, yang merupakan ensiklopedia dalam talian yang dikuasakan oleh pengguna, Wikileaks adalah laman web yang dikhaskan untuk mendedahkan maklumat yang tidak akan tersedia kepada umum. Tujuan Wikileaks adalah untuk mendedahkan kejahatan masyarakat, seperti rasuah dan kejahatan, dan untuk mendedahkan kebenaran tentang apa yang sebenarnya berlaku dalam peristiwa-peristiwa tertentu.
Kandungan Wikipedia kebanyakannya faktual dan sudah tersedia dalam satu cara atau yang lain. Ini boleh terdiri daripada fakta asas saintifik, peristiwa sejarah, budaya popular, dan banyak lagi. Sebaliknya, kandungan WikiLeaks sebahagian besarnya adalah dokumen rahsia dan komunikasi dari kerajaan dan organisasi yang memperinci aktiviti kurang mengagumkan mereka. Paling penting, Wikileaks telah mengeluarkan ratusan ribu dokumen mengenai pengurusan dan aktiviti AS dalam peperangan di Timur Tengah. Ada yang mendakwa bahawa maklumat ini boleh memudaratkan kehidupan tentera yang dikerahkan di sana.
Satu lagi perbezaan antara kedua-dua tapak adalah kesahihan aktiviti mereka. Operasi Wikipedia mematuhi undang-undang dan apa-apa bahan yang dianggap dilindungi hak cipta segera dikeluarkan untuk mengelakkan pelanggaran. Sifat fail yang dikemukakan oleh Wikileaks bererti kesahihan operasinya agak dipersoalkan kerana ia tidak diperoleh dengan cara undang-undang. Oleh sebab itu, Wikileaks telah menghadapi pengawasan utama oleh agensi undang-undang di AS. Syarikat-syarikat lain juga enggan meneruskan perniagaan dengan Wikileaks dengan ketakutan bahawa mereka mungkin dianggap sebagai rakan sejenayah kepada apa saja Wikileaks yang melakukan; yang terkini ialah Paypal pemproses pembayaran.
Dari segi bagaimana laman web berinteraksi dengan pengguna, terdapat juga beberapa perubahan besar. Wikileaks bermula sebagai Wiki yang boleh diedit pengguna seperti Wikipedia. Disebabkan topik-topik kontroversial dan keinginan orang lain untuk mengambil maklumat ini dari internet, Wikileaks telah memutuskan untuk kembali ke gaya penerbitan yang lebih konvensional di mana pengguna menyerahkan maklumat kepada kakitangan Wikileaks dan mereka menentukan sama ada ia bernilai menerbitkan maklumat atau tidak.
Ringkasan: