Saiz sel prokariotik biasanya bersaiz 0.2-2.0 mikrometer manakala sel eukariotik adalah diameter 10-100 mikrometer.
Eukariot dipanggil untuk mempunyai 'nukleus sejati' kerana ia mengandungi nukleus terikat membran dan terdiri daripada organel lain seperti lisosom, kompleks Golgi, retikulum endoplasma, mitokondria dan kloroplas, manakala prokariot tidak mempunyai membran nuklear atau organel lain yang membran membran.
Dalam prokariot, flagellum diperbuat daripada dua blok bangunan protein; dan dinding sel adalah kimia yang kompleks dan diperbuat daripada peptidoglycan (satu polimer besar asid amino dan gula), manakala manakala 'eukaryota' adalah lebih rumit dengan banyak microtubules dan ketika dinding sel hadir, mereka secara kimiawi sederhana.
Dalam prokariota, pembahagian sel berlaku melalui pembelahan binari dan tiada meiosis berlaku tetapi hanya pemindahan serpihan DNA berlaku melalui conjugation. Bahagian sel dalam eukariota berlaku melalui mitosis dan pembiakan seksual berlaku melalui meiosis.
Dalam eukariota, membran plasma terdiri daripada sterol dan karbohidrat. Cytoplasma terdiri daripada sitoskeleton dan aliran sitoplasmik. Ribosom lebih besar (80S) dan saiznya lebih kecil (70S), dan kromosom adalah berbilang dan disusun secara linear dengan histones. DNA eukariota adalah lebih kompleks daripada DNA prokariotik.
Dalam prokariot, membran plasma tidak mengandungi karbohidrat atau sterol. Cytoplasma tidak mempunyai penembusan sitosketeton atau cytoplasmic. Ribosom adalah lebih kecil (70S) dan mempunyai kromosom bulat tunggal yang tidak terdiri daripada histones.