Perbezaan antara Transposase bakteria dan integrasi Retroviral
Share
Perbezaan Utama - Bakteria Transposase vs Retroviral Integrases
Bahan genetik yang boleh diangkut telah berkembang dengan dua strategi utama untuk bergerak dari satu rantau ke kawasan seterusnya dalam dan di antara genom. Satu kaedah adalah untuk menggantikan molekul RNA sebelum pembentukan molekul DNA sementara laluan lain melibatkan perantaraan DNA. Transposase dan integrasi virus adalah contoh bahan genetik transposable. Transposase bakteris mengikat pada akhir transposon dan memudahkan pemangkinan pergerakan transposon ke bahagian lain genom melalui pelbagai mekanisme. Integrasi Retroviral adalah enzim yang membantu dalam pengintegrasian bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel tuan rumah yang menginfeksinya. Ini adalah perbezaan utama antara transposase bakteria dan integrasi retroviral.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah Transposase Bakteria
3. Apakah Integrated Retroviral
4. Kesamaan Antara Transposase Bacterial dan Integrated Retroviral
5. Side by Side Comparison - Transposase bakteris vs Retroviral Integrases dalam bentuk Tabular
6. Ringkasan
Apakah Transposase Bakteria?
Transposase dapat didefinisikan sebagai enzim yang terikat pada akhir transposon yang memfasilitasi pemangkinan pergerakan transposon ke bahagian lain genom melalui pelbagai mekanisme. Mekanisme seperti itu termasuk 'mekanisme pemotongan dan tampalan' dan 'mekanisme transposisi replika'. Transposase mula-mula diperkenalkan melalui pengklonan enzim yang diperlukan untuk pemindahan transposon Tn3. Dua strategi penting telah digunakan oleh unsur-unsur genetik transposable untuk anjakan antara genom atau dari satu laman web yang lain. Pengangkutan melalui perantaraan RNA sebelum sintesis salinan DNA adalah satu strategi manakala yang lain sedang terikat dengan perantaraan DNA sahaja. Reaksi rekombinan yang terlibat dalam penyepaduan kedua-dua elemen ini berlaku kerana enzim-spesifik unsur. Oleh itu, dalam contoh unsur-unsur DNA, enzim-enzim ini dikenali sebagai transposase manakala dalam contoh unsur RNA, mereka dikenali sebagai integrase.
Apabila membandingkan perbezaan antara kedua-dua strategi transposisi, proses penyisipan kelihatan sama dengan kimia. Namun, bukti baru-baru ini mencadangkan bahawa persamaan tertentu dalam mekanisme integrasi dilihat di kawasan-kawasan asid amino yang membentuk tapak aktif; motif DDE. Lima keluarga transposase diklasifikasikan pada masa ini tetapi, jumlah keluarga masih meningkat dengan aksara transposase baru. Keluarga-keluarga ini termasuk transposase DDE, Transposase Tyrosine (Transposase), Transposase Serine (Transposase), transposase Circle Circle, transkrip balik / endonucleases terbalik (RT / En) dan sebagainya. Keluarga ini menggunakan mekanisme pemangkin unik untuk memecahkan dan menyambung semula DNA. Transposase DDE melibatkan mekanisme pemotongan dan tampalan transposon asal dan membawa tiga set asid amino yang dipelihara iaitu; aspartat (D), aspartat (D) dan glutamat (E). Transposase tirosin juga melibatkan mekanisme pemotongan dan tampalan dengan penggunaan sisa tirosin, yang merupakan tapak khusus.
Rajah 01: Transposase bakteria
Transposase serine melibatkan pengantara DNA pekeliling dan menjalankan mekanisme pemotongan dan tampalan seperti di atas keluarga. Transposase bulatan rolling melibatkan mekanisme salinan di mana satu helai tunggal disalin secara langsung ke tapak sasaran melalui replikasi DNA. Ini memastikan bahawa helai template dan helai disalin mempunyai helai yang baru disintesis. Transkripsi transkripsi / endonucleases transposase mempunyai pelbagai mekanisme untuk transposisi.
Apakah Integriti Retroviral?
Dalam konteks Retroviral Integrase, ia dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam penyepaduan bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Integrasi retroviral ini paling sering dikelirukan dengan integrasi phage. Contoh untuk integrasi phage adalah λ phage integrase. Tetapi ini adalah enzim yang sama sekali berbeza dan tidak boleh dikelirukan. Berhubung dengan pembentukan kompleks pra-integrasi retroviral, integrasi retroviral memainkan peranan utama. Retroviral integrase protein biasanya terdiri daripada tiga (03) domain kanonik. Domain ini dihubungkan oleh penyambung fleksibel.
Ketiga domain ini termasuk domain N-zink mengikat terminal di mana tiga berkas heliks disambungkan dan stabil melalui koordinasi dengan penglibatan Zn2+ kation, domain inti pemangkin lipat RNase H dan domain pengikat DNA terminal C, yang merupakan lipatan SH3. Dengan penyiasatan dan melalui maklumat biokimia dan struktur, ia mencadangkan bahawa integrasi retroviral mempunyai kemampuan untuk berfungsi sebagai dimer dimmer (tetramer). Dalam konteks multimerisasi dan mengikat DNA virus, ketiga-tiga domain protein integrase retroviral. Fungsi utamanya integrasi retroviral adalah memasukkan bahan genetiknya untuk menjadi tuan rumah DNA. Langkah ini adalah langkah paling penting dalam replikasi virus virus HIV. Apabila berjaya digabungkan, ia akan berada di dalam DNA kromosom sel sepanjang hayatnya.
Rajah 02: Integrasi Retroviral
Oleh itu, sekali diintegrasikan tidak ada pulangan untuk sel. Integrasi retroviral ini melibatkan pemangkin dua reaksi utama termasuk 3 'pemprosesan akhir dan ligation kovalen. Semasa pemprosesan akhir 3, 2-3 nukleotida dari kedua-dua hujung DNA virus dikeluarkan dengan niat untuk mendedahkan dinucleotides CA dari hujung DNA virus 3, dan semasa ligation kovalen, berakhirnya 3 ' DNA virus dilubangi secara kovalen ke dalam DNA kromosom tuan rumah.
Apakah Kesamaan Antara Transposase Bacterial dan Integrated Retroviral?
- Kedua-dua Transposase Bakteria dan Retroviral Integrases mempunyai urutan asid amino yang sama.
Apakah Perbezaan antara Transposase Bacterial dan Integrated Retroviral?
Transposase bakteria vs Integrated Retroviral | |
| Transposase bakteria adalah enzim terikat pada akhir transposon sambil memudahkan pemangkinan pergerakan transposon ke bahagian lain dari genom melalui pelbagai mekanisme. | Retroviral Integrases dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam penyepaduan bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. |
| Kawasan Mengikat | |
| Kawasan pengikat khusus yang tinggi diperlukan untuk Transposase bakteria. | Kurang atau tiada urutan nukleotida yang diperlukan untuk mengikat. |
Ringkasan - Bakteria Transposase vs Retroviral Integrases
Transposase bakteria dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam penyepaduan bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Dua strategi penting telah digunakan oleh unsur-unsur genetik transposable untuk anjakan antara genom atau dari satu laman web yang lain. Lima keluarga transposase diklasifikasikan pada masa ini tetapi, jumlah keluarga masih meningkat dengan aksara transposase baru. Retroviral Integrase, ia dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam penyepaduan bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Retroviral integrase protein biasanya terdiri daripada tiga (03) domain kanonik. Fungsi utamanya integrasi retroviral adalah memasukkan bahan genetiknya untuk menjadi tuan rumah DNA. Langkah ini adalah langkah paling penting dalam replikasi virus virus HIV. Oleh itu, sekali diintegrasikan tidak ada pulangan untuk sel. Ini adalah perbezaan antara transposase bakteria dan Retroviral Integrase.
Muat turun PDF Transposase Bacterial vs Retroviral Integrases
Anda boleh memuat turun versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan luar seperti peringatan kutipan. Sila muat turun versi PDF di sini: Perbezaan antara Transposase bakteria dan integrasi Retroviral
Rujukan:
1.Vigil-Stenman, Theoden, et al. "Kelimpahan dan ekspresi transposase yang tinggi dalam bakteria dari Laut Baltik." Jurnal ISME, vol. 11, tidak. 11, 2017, ms 2611-2623., Doi: 10.1038 / ismej.2017.114.
2.Polard, P, dan M Chandler. "Transposase bakteria dan integrasi retroviral." Mikrobiologi molekul., Perpustakaan Perubatan Negara A.S., Januari 1995. Boleh didapati di sini
3.Andrake, Mark D., dan Anna Marie Skalka. "Retroviral Integrase: Kemudian dan Sekarang." Kajian Tahunan Virologi, jilid. 2, tidak. 1, September 2015, ms 241-264., Doi: 10.1146 / annurev-virology-100114-055043.
Image Courtesy:
1. 'Mekanisme transkripsi' oleh Alana Gyemi, (CC BY-SA 4.0) melalui Wikimedia Commons
2.'PDB 1wjd EBI'By Jawahar Swaminathan dan staf MSD di Institut Bioinformatika Eropah (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons
