Perbezaan Antara BLAST dan FastA

The perbezaan utama antara BLAST dan FastA ialah BLAST adalah alat penyelarasan asas yang terdapat di laman web Pusat Maklumat Bioteknologi Negara sementara FastA adalah alat carian keserupaan yang terdapat di laman web Institut Bioinformatika Eropah.

BLAST dan FastA adalah dua perisian yang banyak digunakan untuk membandingkan urutan biologi DNA, asid amino, protein, dan nukleotida spesies yang berbeza dan mencari persamaan mereka. Algoritma ini ditulis dengan cepat. Kerana, apabila para saintis dapat mengasingkan DNA dalam makmal pada pertengahan tahun 1980-an, ia menimbulkan keperluan untuk membandingkan dan mencari gen sama untuk penyelidikan lanjut pada kelajuan tinggi. Oleh itu, kedua-dua perisian ini dibangunkan dengan cara pengguna dapat melakukan pencarian dengan cepat urutan yang sama dengan urutan turutan mereka.

BLAST adalah singkatan untuk Alat Pencari Alignment Asas dan menggunakan pendekatan setempat dalam membandingkan dua urutan. FastA adalah perisian yang merujuk kepada Fast A di mana A bermaksud Semua. Di sini, perisian ini berfungsi dengan huruf seperti Fast A untuk penjujukan DNA dan Fast P untuk protein. Kedua-dua BLAST dan FastA sangat cepat dalam membandingkan mana-mana pangkalan data genom dan, dengan itu, sangat berdaya maju monetarily serta dalam menjimatkan masa.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah BLAST
3. Apakah FastA
4. Kesamaan Antara BLAST dan FastA
5. Side by Side Comparison - BLAST vs FastA dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apa itu BLAST?

BLAST adalah salah satu perisian bioinformat yang paling banyak digunakan yang telah dibangunkan pada tahun 1990. Sejak itu, ia tersedia untuk semua orang di tapak NCBI. Tambahan pula, mana-mana orang boleh mengakses perisian ini dan menggunakannya. Selain itu, BLAST adalah perisian yang memerlukan data input atau urutan dalam format FastA. Tetapi, ia memberikan data output dalam teks biasa, HTML, atau format XML. BLAST berfungsi pada prinsip mencari persamaan setempat antara dua urutan dan senarai ringkas urutan yang sama, dan selepas itu, ia mencari persamaan kejiranan.

Rajah 01: Keputusan BLAST

Oleh itu, perisian ini mencari bilangan kawasan setempat yang sama dan memberi hasil pada mencapai nilai ambang. Walau bagaimanapun, proses ini berbeza dari perisian sebelumnya, yang mencari urutan keseluruhan terlebih dahulu dan kemudian melakukan perbandingan, dan oleh itu, mengambil banyak masa.

Selain pemeriksaan kesamaan di atas, BLAST mempunyai banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen yang serupa dalam spesies yang berlainan, mewujudkan pokok filogenetik, dan lain-lain..

Apa FastA?

FastA adalah perisian penjajaran urutan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menerangkan perisian ini pada tahun 1985. Walaupun penggunaan awal perisian ini adalah untuk membandingkan urutan protein sahaja, versi diubah suai itu dapat membandingkan urutan DNA juga. Di sini, perisian ini menggunakan prinsip mencari persamaan antara dua urutan secara statistik. Ia sepadan dengan satu urutan DNA atau protein dengan urutan lain mengikut kaedah penjajaran urutan tempatan.

Rajah 02: FastA

Walau bagaimanapun, ia mencari kawasan setempat untuk keserupaan, tetapi bukan perlawanan terbaik antara dua urutan. Oleh kerana perisian ini membandingkan persamaan setempat pada masa-masa, ia juga boleh menghasilkan ketidakcocokan juga. Dalam urutan, FastA mengambil sebahagian kecil yang dikenali sebagai k-tuples, di mana tupel boleh dari 1 hingga 6 dan padan dengan k-tuples urutan lain. Pada akhir proses yang sepadan, apabila mencapai nilai ambang, ia menghasilkan hasilnya.

Apakah Kesamaan Antara BLAST dan FastA?

• BLAST dan FastA adalah alat bioinformatika yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk persamaan.
• Selain itu, kedua-dua program menggunakan strategi pemarkahan untuk membuat perbandingan antara urutan.
• Tambahan pula, kedua-dua alat menghasilkan hasil yang sangat tepat.

Apakah Perbezaan Antara BLAST dan FastA?

BLAST adalah alat untuk memeriksa persamaan antara urutan biologi. Sebaliknya, FastA adalah satu lagi program yang memudahkan pemeriksaan persamaan protein dan urutan DNA. Bagaimanapun, berbanding dengan FastA, perisian BLAST sangat popular kerana menghasilkan hasil yang lebih tepat dan cepat. Oleh itu, ini adalah perbezaan antara BLAST dan FastA. Selain itu, tidak seperti FastA, program BLAST dapat diubah suai mengikut keperluan pengguna. Oleh itu, ini adalah satu lagi perbezaan antara BLAST dan FastA.

Infographic di bawah perbezaan di antara BLAST dan FastA memberikan lebih banyak maklumat.

Ringkasan - BLAST vs FastA

BLAST dan FastA adalah dua program yang membolehkan pengguna membandingkan jujukan pertanyaannya dengan urutan dalam pangkalan data sedia ada dan memeriksa persamaan. Tujuan awal FastA adalah untuk membandingkan hanya urutan protein. Namun, versi modifikasi perisian ini memudahkan perbandingan protein dan urutan DNA. Walaupun FastA adalah perisian yang baik, kebanyakan orang menggunakan alat penjajaran BLAST kerana ia lebih popular dan menghasilkan hasil yang lebih tepat dan pantas daripada FastA. Juga, alat BLAST boleh diubah suai mengikut kehendak pengguna. Ringkasnya, ini merangkumi perbezaan antara BLAST dan FastA.

Rujukan:

1.Madden, Thomas. "Alat Analisis Jujukan BLAST." Laporan Neurologi dan Neuroscience semasa, Perpustakaan Perubatan Negara A.S., 15 Mac 2013. Boleh didapati di sini 

Image Courtesy:

1. "Keputusan Blast CCDC132" Oleh Blast NCBI - Blast NCBI, (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons  
2. "Wilayah Promoter FAM149A (format FASTA)" Oleh LarsonGCD - Kerja sendiri, (CC BY-SA 3.0) melalui Wikimedia Commons