Perbezaan Antara Kejadian Exome dan RNA

Perbezaan Utama - Exome vs RNA Sequencing
 

Pengurutan asid nukleat adalah teknik yang menentukan urutan nukleotida dalam fragmen tertentu DNA atau RNA organisma. Sequencing penting dalam mengenal pasti solek DNA dan RNA sel dan membezakan gen tertentu yang kod untuk protein berfungsi; Oleh itu, penjujukan boleh digunakan untuk memahami mutasi gen dan ungkapan gen ini. Kaedah Penyusunan Sanger atau kaedah penjujukan generasi seterusnya yang lebih maju adalah kaedah penjujukan yang biasa digunakan. Penjujukan Exome adalah penjujukan set lengkap exon atau pengekodkan kawasan DNA yang terdapat dalam organisma manakala urutan RNA adalah prosedur penjujukan asid Ribonukleik (RNA). Ini adalah perbezaan utama antara penjujukan exome dan RNA.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah urutan Sequence Exome
3. Apakah urutan urutan RNA
4. Persamaan Antara Eksplorasi Exome dan RNA
5. Side by Side Comparison - Exome vs RNA Sequencing dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apakah Exquince Sequencing??

Exome adalah subset genom yang terdiri daripada gen pengekodan organisma tertentu. Gen pengekodan dinamakan sebagai exon dan ditranskripsikan ke dalam mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asid amino. Semasa pengubahsuaian transkrip pasca, mekanisme penyambungan RNA dalam eukariota membuang introns (wilayah bukan pengekodan), dan ekson kekal. Terdapat dua teknik utama di mana exome sequencing dilakukan: berasaskan penyelesaian dan berasaskan array.

Dalam penjujukan exome yang berasaskan penyelesaian, sampel DNA dipecah dengan menggunakan sama ada enzim sekatan atau kaedah mekanikal dan denatured oleh haba. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida biotinilasi (umpan) digunakan untuk secara selektif menghibridkan dengan kawasan sasaran dalam genom. Manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah mengikat. Pengikatan diikuti dengan langkah pembasuhan di mana urutan tidak tertutup dan tidak disasarkan dibersihkan. Sasaran terikat kemudian dikuatkan menggunakan tindak balas Rantai Polimerase (PCR) dan kemudian disusun menggunakan urutan Sequencing Sanger atau teknik Sequencing Generation Next.

Rajah 01: Exome Sequencing

Kaedah berasaskan Array juga sama dengan kaedah penyelesaian berasaskan, kecuali bahawa serpihan DNA ditangkap ke dalam susunan mikro, dan kemudian mengikat dan langkah-langkah pencucian mengikuti sebelum disusun.

Pemeriksaan Exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengenal pasti penanda genetik novel, dalam bidang pertanian untuk mengenal pasti pelbagai ciri agronomi yang berfaedah dan dalam prosedur pembiakan tumbuhan.

Apakah RNA Sequencing??

Penjujukan RNA adalah berdasarkan transkrip, iaitu transkrip lengkap sel. Matlamat utama urutan RNA adalah untuk mengkatalogkan semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA bukan pengkodan, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkrip gen dan mengukur tahap ekspresi setiap transkrip semasa pembangunan. Semasa urutan RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA pelengkap yang diperoleh daripada urutan mRNA matang) pada mulanya digunakan untuk penjujukan. Pada masa ini, teknik yang lebih tepat dan lebih canggih digunakan untuk urutan RNA.

Rajah 02: Urutan RNA

Dalam RNA sequencing, sampel RNA yang boleh jumlah RNA atau RNA yang dikecilkan diubah menjadi DNA pelengkap (cDNA) menggunakan transkripsi terbalik, dan perpustakaan cDNA disediakan. Setiap serpihan cDNA dipasang pada penyesuai pada kedua-dua pihak (penjujukan akhir pasangan) atau pada satu sisi (penjujukan akhir tunggal). Urutan yang ditandakan ini disusun menggunakan penjujukan Sanger atau generasi akan datang, seperti penjujukan exome.

Apakah Persamaan Antara Eksplimen Exome dan RNA?

• Segmen yang dipilih pendek atau keseluruhan set DNA / RNA boleh digunakan untuk penjujukan Exome atau RNA.
• Serpihan serpihan dipelihara di perpustakaan.
• Penjujukan Sanger atau Urutan Generasi Seterusnya boleh digunakan.
• Kedua-dua kaedah penjadualan in vitro.
• Serpihan serpihan boleh ditentukan oleh tag neon.

Apakah Perbezaan Antara Penggalan Exome dan RNA?

Exome vs RNA Sequencing
Penjujukan Exome adalah penjujukan set lengkap exon atau pengekodan kawasan DNA yang terdapat dalam organisma.	Susunan RNA merujuk kepada prosedur penjujukan asid Ribonukleik (RNA); transkrip.
Memulakan Contoh
DNA Genomik adalah contoh permulaan penjujukan exome.	RNA adalah contoh permulaan urutan RNA.
Komposisi
Ini mengandungi kawasan pengekodan sahaja dari jumlah DNA yang dikenali sebagai Exon	Ini mengandungi RNA-mRNA / transkrip.
Urutan
Terdapat dua kaedah utama exome sequencing; penyelesaian berasaskan dan pelbagai berasaskan teknologi.	Urutan RNA dilakukan melalui penyediaan perpustakaan cDNA dengan mengeluarkan RNA total atau RNA yang berpecah.

Ringkasan - Exome vs RNA Sequencing

Exome adalah set lengkap pengkodan kawasan organisme dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida yang tepat Exome dikenali sebagai penjujukan exome. Jujukan RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida RNA suatu organisma. Ini adalah perbezaan antara penjujukan exome dan RNA.

Muat turun Versi PDF dari Exome vs RNA Sequencing

Anda boleh memuat turun versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan luar talian seperti nota kutipan. Sila muat turun versi PDF di sini Perbezaan Antara Kejutan Exome dan RNA

Rujukan:

1.Wang, Zhong, et al. "RNA-Seq: alat revolusioner untuk transkrip." Ulasan semula jadi. Genetik, Perpustakaan Perubatan Negara A.S., Jan. 2009, Boleh didapati di sini. Diakses pada 3 Sept. 2017.
2.Warr, Amanda, et al. "Exome Sequencing: Perspektif Semasa dan Masa Depan." G3: Gen | Genomes | Genetika, Persatuan Genetik Amerika, Ogos 2015, Boleh didapati disini. Diakses pada 3 Sept. 2017.

Image Courtesy:

1. "Exome Sequencing Workflow 1a" oleh Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) via Wikimedia Commons
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" Oleh SarahKusala - Kerja sendiri (CC BY 3.0) melalui Wikimedia Commons