Perbezaan Antara Metagenomik dan Metatranskriptik

The perbezaan utama antara metagenomik dan metatranskriptik bergantung kepada jenis biomolekul yang dikaji di setiap kawasan. Metagenomics meneliti DNA, urutan dan perilakunya dalam organisma, manakala metatranskriptik mengkaji DNA yang ditranskripsikan, terutamanya urutan mRNA dan kelakuannya dalam organisma.

Metagenomics dan metatranscriptomics adalah dua bidang yang telah mendapat populariti sejak bertahun-tahun berhubung dengan komuniti mikrob. Mereka penting dalam bioteknologi penjagaan kesihatan, industri dan pertanian. Kedua-dua metagenomik dan metatranskriptik membenarkan kajian organisma individu dalam komuniti dan peranan fungsinya yang sama ada bermanfaat atau berbahaya.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah Metagenomics 
3. Apakah Metatranscriptomics
4. Persamaan Antara Metagenomik dan Metatranskriptik
5. Perbandingan Side by Side - Metagenomics vs Metatranscriptomics dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apa itu Metagenomics?

Metagenomics adalah bidang kajian yang meneroka asid deoxyribonucleic (DNA). Ia amat relevan dengan komuniti mikroba. Juga, ia adalah bidang yang lebih maju berbanding dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisma tertentu berlaku. Walau bagaimanapun, metagenomik melibatkan analisis bahan genetik merentasi komuniti organisma. Oleh itu, ini membolehkan mengkaji tingkah laku komuniti organisma yang berkaitan dengan satu keadaan atau satu persekitaran.

Rajah 01: Metagenomik

Teknik utama yang terlibat dalam kajian metagenomics ialah Sequencing Generation Next (NGS) yang menggunakan teknologi array mikro. Kaedah-kaedah NGS boleh menganalisis pelbagai organisma dalam reaksi tunggal untuk kehadiran atau ketiadaan urutan DNA tertentu. Urutan DNA ini mungkin bertanggungjawab untuk keadaan penyakit tunggal atau keadaan alam sekitar. Oleh itu, menggunakan pengetahuan metagenomik, penyaringan organisma boleh dilakukan dengan mudah dan tepat. Penjujukan semasa NGS berlaku dalam bacaan pendek dan profil DNA organisma berlaku. Susunan DNA 16s adalah urutan yang popular yang dikaji dalam metagenomik mengenai mikroorganisma.

Berikutan penjujukan komuniti organisma, jajaran urutan perlu dilakukan. Alat seperti Alat Pengatur Penjajaran Tempatan Asas (BLAST) digunakan untuk memenuhi tugas penjajaran. Berikutan penyelarasan, pokok phylogenetic memberikan hubungan setiap organisma dalam masyarakat dan butiran mengenai kelakuannya.

Apa itu Metatranscriptomics?

Metatranscriptomics adalah bidang kajian yang berkaitan dengan transkrip organisme. Transkrip ini membentuk keseluruhan urutan RNA yang ditranskripsikan semasa transkripsi DNA. Urutan mRNA yang hadir dalam transkrip menyediakan maklumat mengenai ungkapan genetik. Metatranscriptomics adalah analisis pelbagai transkrip di seluruh populasi atau komuniti.

Rajah 02: Analisis Transkrip

Kajian Metatranscriptomics juga menggunakan teknologi microarray untuk mencari urutan urutan yang singkat. Selain itu, metatranscriptomics juga melibatkan analisa bioinformatik menyeluruh menggunakan alat penjajaran dan kaedah rekaan pokok. Walau bagaimanapun, bidang metatranskriptik jauh lebih sukar berbanding dengan metagenomik. Pengekstrakan mRNA atau RNA secara keseluruhan tidak semudah yang sepertinya. Oleh kerana RNA sangat rawan terhadap kemusnahan dan mempunyai masa hidup yang sangat singkat, penyelenggaraan dan simpanan ini mungkin menjadi pertanyaan yang mungkin.

Apakah Kesamaan Antara Metagenomik dan Metatranskriptik?

• Metagenomik dan metatranskriptik adalah teknik pemprosesan tinggi untuk menganalisis komuniti organisma, terutamanya komuniti mikrob.
• Kedua-dua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan penemuan.
• Hasil yang diperolehi sering dianalisis dengan menggunakan penjajaran BLAST dan pokok Phylogenetic.
• Selain itu, kedua-dua teknik tidak memberi tumpuan kepada satu organisma, tetapi satu kumpulan atau organisma komuniti.
• Selain itu, kedua-dua konsep ini juga dikaji kebanyakannya berkaitan dengan mikroba - sebab utama peranan mereka yang dimainkan.

Apakah Perbezaan Antara Metagenomik dan Metatranskriptik?

Metagenomics dan Metatranscriptomics melibatkan analisis bahan genetik dalam komuniti organisma. Oleh itu, metagenomik merangkumi corak dan urutan DNA manakala metatranscriptomics merujuk kepada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsikan. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara metagenomics dan metatranscriptomics.

Selain itu, prosedur pengekstrakan berbeza dalam kedua-dua teknik; metagenomik melibatkan prosedur pengekstrakan DNA dan metatranscriptomics melibatkan prosedur pengekstrakan RNA. Oleh itu, ini juga merupakan perbezaan yang signifikan antara metagenomik dan metatranscriptomics.

Infographic di bawah meringkaskan perbezaan antara metagenomics dan metatranscriptomics:

Ringkasan - Metagenomics vs Metatranscriptomics

Metagenomics dan metatranscriptomics adalah bidang kajian baru yang menganalisis komuniti organisma untuk keadaan tertentu. Oleh itu, metagenomics merujuk kepada analisis urutan DNA. Sebaliknya, metatranscriptomics merujuk kepada analisis urutan RNA atau produk DNA yang ditranskripsikan. Dalam hal ini, metatranscriptomics membolehkan pengenalan ungkapan gen untuk kes tertentu. Kedua-duanya penting dalam menganalisis mutasi dan kesannya. Ini adalah teknik yang cepat dan lebih dipercayai yang digunakan sebelum diagnosis. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara metagenomik dan metatranskriptik.

Rujukan:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, et al. "Metagenomics, Metatranscriptomics, dan Metabolomics Approaches for Microbiome Analysis." Bioinformatika Evolusi Online, LibertasAcademica, 12 Mei 2016, Boleh didapati di sini.

Image Courtesy:

1. "pcbi.1002808.g001" Dengan Phylogeny Figures (CC BY 2.0) melalui Flickr
2. "Transkrip ara 3" Oleh Danny556 (bercakap) - buatan sendiri (C BY-SA 3.0) melalui Flickr