Perbezaan Antara QTL dan GWAS

The perbezaan utama antara QTL dan GWAS bergantung kepada jenis urutan yang digunakan dalam analisis. QTL menggunakan lokus gen linkage untuk menganalisis sifat fenotip yang berkaitan dengan warisan polygenic sementara GWAS menggunakan urutan genom seluruh untuk menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal keadaan tertentu.

Peta QTL dan GWAS memainkan peranan penting dalam analisis genetik untuk ciri-ciri yang berbeza. Tambahan pula, mereka penting dalam menganalisis pelbagai keadaan penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui. Di samping itu, penjujukan memainkan peranan penting dalam kedua-dua teknik. Teknik-teknik ini boleh ditambah lagi dengan teknik-teknik throughput tinggi lain untuk meningkatkan ketepatan dan ketepatan.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah QTL 
3. Apa itu GWAS?
4. Persamaan Antara QTL dan GWAS
5. Side by Side Comparison - QTL vs GWAS dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apakah QTL??

QTL bermaksud Locus Trait Kuantitatif. Ia adalah kawasan DNA yang dikaitkan dengan sifat fenotip. Secara umumnya, QTL menimbulkan kesan polygenic. Pengagihan QTLs berbeza-beza, dan bilangan QTLs menyarankan tahap variasi sifat fenotip tertentu. Selain itu, mereka biasanya kod untuk mendasari sifat-sifat berterusan dan bukan sifat-sifat diskret.

Apabila mengenal pasti kawasan QTL, adalah penting untuk menyusun kawasan QTL tertentu. Selain itu, untuk membuat penyiasatan dan penyelidikan mudah, menjejaki dan menyimpan data turutan kawasan QTL yang sama berlaku dengan penglibatan bioinformatik. Kami memanggil teknik pemetaan QTL ini. Seterusnya, pangkalan data terbina dengan urutan rantau QTL.

Rajah 01: Imbasan QTL

Selain itu, aplikasi urutan QTL bergantung terutamanya pada alat BLAST, di mana keserupaan turutan dapat ditentukan. Adalah penting untuk mengurangkan hubungan antara organisma. Tambahan pula, adalah penting dalam menentukan kerumitan fenotip poligenik tertentu. Ia juga menentukan evolusi sifat tertentu.

Pada masa ini, analisis QTL digabungkan dengan teknik penyambung tinggi lain seperti microarrays DNA. Ini penting dalam analisis ungkapan fenotip. Pada masa ini, para saintis berminat untuk membangunkan pangkalan data QTL sejak kawasan QTL bertanggungjawab untuk banyak ciri penting spesies yang berlainan.

Apa itu GWAS?

GWAS bermaksud Kajian Pertubuhan Genome Wide. Ia juga merujuk kepada keseluruhan kajian persatuan genom. Kajian-kajian ini memberi tumpuan terutamanya kepada kajian-kajian observasional. Ia menganalisis varian genetik individu yang berbeza yang biasanya dikaitkan dengan sifat khusus. Selain itu, keseluruhan genom adalah penting untuk analisis GWAS.

Rajah 02: GWAS

GWAS adalah alat penting dalam analisis polimorfisme nukleotida tunggal yang dikaitkan dengan pelbagai keadaan penyakit. Ini juga merupakan kajian perbandingan polimorfisme nukleotida tunggal yang berlainan merentasi populasi yang luas. Di samping itu, sampel kajian GWAS sangat tinggi; Oleh itu, ia juga mengambil format kajian kohort rentas keratan rentas.

Tambahan pula, kajian GWAS yang pertama berlaku berkaitan dengan infark miokard dan menganalisis gen yang berkaitan dengan infark miokard. Pada masa ini, GWAS memainkan peranan penting dalam menentukan latar belakang genetik penyakit kompleks dengan etiologi yang tidak diketahui.

Apakah Kesamaan Antara QTL dan GWAS?

• Mereka bergantung pada data urutan DNA untuk analisis.
• Kedua-duanya dikaitkan dengan latar belakang genetik pelbagai watak.
• Selain itu, mereka memerlukan alat bioinformatik untuk menyimpulkan dan menafsirkan hasil.
• Ia dilakukan pada populasi yang besar.

Apakah Perbezaan Antara QTL dan GWAS?

QTL menganalisis ciri-ciri fenotip yang dikaitkan dengan warisan polygenic menggunakan lokus gen berkaitan manakala GWAS menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal keadaan tertentu menggunakan urutan genom keseluruhan. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara QTL dan GWAS. Pemetaan QTL adalah teknik yang kurang kompleks daripada GWAS kerana ia memerlukan penjujukan genom keseluruhan.

Infographic di bawah meringkaskan perbezaan antara QTL dan GWAS dalam bentuk jadual.

Ringkasan - QTL vs GWAS

Pemetaan QTL dan GWAS memainkan peranan utama dalam menentukan latar belakang genetik pelbagai sifat fenotip. Mereka juga membantu dalam menganalisis latar belakang genetik penyakit yang berlainan. Pemetaan QTL memaparkan gen linkage yang bertanggungjawab untuk sifat-sifat berterusan, dan juga melibatkan pemetaan gen warisan polygenic. Sebaliknya, GWAS berlaku dengan keseluruhan analisis genom untuk polimorfisme nukleotida tunggal. Di samping itu, ini berlaku di seluruh populasi yang lebih besar. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara QTL dan GWAS.

Rujukan:

1. Liu, Ruixian, et al. "Analisis GWAS dan QTL Pengenalan Kualiti Kualiti Serat dan Komponen Hasil di Kapas Upland Menggunakan Penanda SNP Bertingkat Tinggi Diperkayakan." Hadapan dalam Sains Tanaman, Frontiers Media S.A., 13 Sept. 2018, Boleh didapati di sini.
2. "GWAS Vs. Pemetaan Qtl? " Catatan Terkini, Boleh didapati di sini.

Image Courtesy:

1. "Contoh QTL-Scan seluruh Genome dari PLoS Biology" By-Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Hubungan Osteoporosis ke Chromosome 20p12 dan Persatuan BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) melalui Wikimedia Commons
2. "Kesan alel penyakit GWAS" Oleh Bush WS dan Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Bab 11: Pengajian Persatuan Genome-Wide. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) melalui Wikimedia Commons