Perbezaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT

The perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT ialah Primer rawak adalah campuran semua urutan heksamerik oligonukleotida yang mungkin, manakala primer oligo dT terdiri daripada regangan tunggal yang terkena 12-18 deoxythymidines.

Transkripsi belakang adalah mekanisme di mana cDNA boleh disintesis menggunakan mRNA atau mana-mana spesies RNA. Untuk menghasilkan cDNA, enzim transkrip balik dan komponen lain yang perlu disediakan, terutamanya templat dan primer. Primer adalah urutan DNA pendek yang direka khusus untuk penguatan urutan sasaran. Primer rawak dan primer oligo dT adalah dua jenis utama primer yang digunakan dalam transkripsi terbalik. Oleh itu, primer rawak atau primer oligo dT adalah urutan pendek oligonukleotida DNA yang diperlukan untuk transkripase terbalik untuk memulakan transkripsi terbalik. Bergantung pada templat RNA, primer yang sesuai boleh dipilih daripada dua jenis primer ini.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah Primer Rawak 
3. Apa itu Oligo dT
4. Kesamaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT
5. Side by Side Comparison - Random Primers vs Oligo dT dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apakah Primer Rawak?

Primer rawak adalah campuran oligonukleotida yang mewakili semua urutan hexamer yang mungkin. Urutan Primer Primer Rawak adalah 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T atau C. Oleh itu, primer rawak boleh digunakan untuk penguatan DNA tunggal atau RNA tunggal dengan DNA polimerase atau transkripase terbalik, masing-masing. Selain itu, campuran primer rawak mampu menguatkan semua kawasan RNA untuk menghasilkan cDNA. Oleh itu, ia menghasilkan pelbagai panjang cDNA.

Rajah 01: Primer Rawak

Paling penting, campuran primer rawak tidak menunjukkan kekhususan templat. Ia tidak mampu membezakan mRNA dan spesies RNA lain. Dan, ia anneal dengan mana-mana spesies RNA dalam sampel. Walau bagaimanapun, campuran primer rawak sesuai untuk transkripsi belakang RNAs tanpa poli (A) ekor, seperti rRNA, tRNA, RNA tidak pengkodan, RNA kecil, mRNA prokaryotik dan lain-lain, RNA terdegradasi, dan RNA dengan struktur menengah yang diketahui.

Apa itu Oligo dT?

Oligo dT primer adalah regangan 12 - 18 deoxythymine (dT). Urutan primer boleh diwakili sebagai 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Ia digunakan untuk penghasilan cDNA daripada mRNA yang mengandungi poli (A) ekor. Pada dasarnya, ia bertindak sebagai primer untuk tindak balas yang dipangkin oleh transkripase terbalik. Semasa transkripsi terbalik, oligo dT primer anneals dengan ekor poly-adenilasi yang terdapat pada akhir 3 'kebanyakan mRNA eukaryotic dan memulakan proses.

Rajah 02: Transkripsi Songsang Menggunakan Oligo dT Primer

Tidak seperti primer rawak, primer oligo dT tidak sesuai untuk RNA atau RNA terdegradasi yang kekurangan poli (A) ekor, termasuk RNA prokariotik dan mikroRNA.

Apakah Kesamaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT?

• Prim primer dan oligo dT primer adalah dua jenis primer yang digunakan dalam transkripsi terbalik dan menjadikan cDNA.
• Menggunakan primer rawak dan primer oligo dT bersama-sama meningkatkan kepekaan sintesis cDNA.
• Mereka adalah urutan nukleotida pendek terkandas tunggal.

Apakah Perbezaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT?

Primer rawak adalah urutan oligonukleotida pendek yang terdiri daripada urutan rawak. Sementara itu, oligo dT primer adalah helai pendek terdiri daripada 12 hingga 18 deoxythymidines. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT. Jujukan primer rawak adalah 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T atau C. Sedangkan urutan urutan oligo dT adalah 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) . Oleh itu, kita boleh mempertimbangkan ini sebagai satu lagi perbezaan antara primer rawak dan oligo dT.

Selain itu, primer rawak tidak menunjukkan kekhususan templat, dan mereka mengamati dengan mana-mana spesis RNA, manakala primer oligo dT menunjukkan kekhususan untuk poli (A) ekor mRNA eukariotik.

Di bawah infographic meringkaskan perbezaan antara primer rawak dan oligo dT.

Ringkasan - Primer rawak vs Oligo dT

Prim primer dan primer oligo dT adalah dua jenis primer yang digunakan dalam sintesis cDNA. Primer rawak terdiri dari campuran oligonukleotida, yang mewakili semua urutan hexamer yang mungkin, sementara oligo dT primer adalah urutan tunggal 12 hingga 18 deoxythymidines. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT. Selain itu, primer oligo dT berguna untuk transkripsi RNA yang panjang lebar dengan poli (A) ekor, manakala primer rawak berguna untuk transkripsi terbalik kebanyakan spesies RNA, termasuk RNA yang terdegradasi, RNA yang kekurangan poli (A) ekor dan RNA yang mengandungi struktur sekunder. Oleh itu, primer rawak tidak menunjukkan kekhususan template manakala oligo dT primer menunjukkan kekhususan terhadap mRNA eukaryotic yang mengandungi poli (A) ekor.

Rujukan:

1. "Persediaan Transkripsi Songsang: Ilmiah Fisher Scientific - US." Persediaan Transkripsi Songsang | Scientific Fisher Thermo - AS, terdapat di sini.

Image Courtesy:

1. "Primers RevComp" Oleh Zephyris - Kerja sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Wikimedia Commons
2. "Model PCR RT" Oleh Lokeshthimmana - Kerja sendiri (CC BY-SA 4.0) melalui Wikimedia Commons