Perbezaan Antara RAPD dan RFLP
Share
Perbezaan Utama - RAPD vs RFLP
Penanda genetik digunakan dalam Biologi Molekul untuk mengenal pasti variasi genetik antara individu dan spesies. DNA Polymorphic Rawak Terubah (RAPD) dan Sekatan Panjang Fragmen Polimorfisme (RFLP) adalah dua penanda molekul penting yang digunakan secara rutin dalam makmal. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotide pendek dan sewenang-wenangnya, dan ia berdasarkan penguatan rawak pelbagai lokasi di seluruh template DNA organisma. RFLP dilakukan dengan endonuclease sekatan khusus, dan ia berdasarkan polimorfisme pecahan hasil dan hibridisasi yang terhasil. Perbezaan utama antara RAPL dan RFLP ialah RAPD adalah sejenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan terdahulu sedangkan RFLP tidak terlibat dalam PCR dan memerlukan pengetahuan urutan terlebih dahulu untuk menjalankan teknik ini.
KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah RAPD
3. Apakah RFLP
4. Side by Side Comparison - RAPD vs RFLP
5. Ringkasan
Apa itu RAPD?
RAPD adalah penanda molekul yang berguna dalam biologi molekul. Ia adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD boleh didefinisikan sebagai kaedah yang menghasilkan urutan DNA polimorfik sebagai akibat daripada penguatan rawak pelbagai lokasi templat DNA sasaran. RAPD menggunakan primer oligonukleotide pendek dengan urutan sewenang-wenangnya untuk penguatan PCR. Primer dicipta secara buatan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh itu, ia dianggap sebagai teknik yang mudah dan berguna.
Langkah-langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.
- Pengekstrakan DNA sasaran
- Pengukuhan pelbagai lokasi DNA sasaran dengan menggunakan primer yang dipilih secara rawak
- Elektroforesis Gel bagi produk PCR yang diperkuatkan
- Pewarnaan dengan etidium bromida dan pengenalpastian polimorfisme
Akibat variasi dalam penyepuh utama, serpihan yang berlainan dengan panjang yang berbeza dijana semasa amplifikasi. Oleh itu, corak banding pada gel berbeza di kalangan individu dan spesies. Oleh itu, RAPD membolehkan pengesanan variasi genetik di kalangan organisma dalam pengenalpastian dan pembezaan.
RAPD digunakan dalam pelbagai kajian biologi molekul seperti pengenalpastian perbezaan genetik antara spesies yang berkait rapat, pemetaan gen, cap jari DNA, pengenalan penyakit yang diwarisi, dll..
Rajah 01: RAPD
Apakah RFLP itu?
Sekatan Fragmen Panjang Polimorfisme (RFLPs) adalah penanda molekul yang digunakan dalam biologi molekular untuk pengenalpastian variasi genetik dalam urutan DNA homolog. Ia adalah penanda genetik pertama yang dibangunkan untuk cap jari DNA. Semua organisma menghasilkan profil DNA yang unik apabila dibatasi dengan enzim sekatan tertentu. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA unik individu dan pengesanan variasi genetik di kalangan mereka. Apabila sampel DNA dicerna dengan endonucleases sekatan tertentu, ia menghasilkan profil DNA yang unik yang unik kepada setiap individu. Oleh itu, pengetua kaedah ini adalah pengesanan variasi genetik di kalangan organisma dengan menyekat DNA homolog dengan enzim sekatan tertentu dan analisis polimorfisme panjang serpihan melalui elektroforesis gel dan membungkus. Corak pemotongan adalah unik kepada setiap organisma dan mencirikan genotip tertentu.
Berikut langkah-langkah yang terlibat dengan RFLP.
- Pengasingan jumlah DNA yang mencukupi dari sampel
- Pemecahan sampel DNA dengan endonucleases sekatan tertentu ke dalam urutan pendek
- Pemisahan serpihan yang dihasilkan dengan panjang yang berbeza dengan elektroforesis gel agarosa.
- Pemindahan profil gel ke dalam membran oleh pembengkakan Selatan
- Hibridisasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang serpihan dalam setiap profil
RFLP mempunyai pelbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, pengenalan jenayah dalam kajian forensik, ujian paterniti, dan lain-lain..
Rajah 02: genotip RFLP
Apakah perbezaan antara RAPD dan RFLP??
RAPD vs RFLP | |
| RAPD adalah penanda molekul berdasarkan primer rawak dan PCR. | RFLP adalah penanda molekul berdasarkan pengeluaran serpihan sekatan panjang yang berbeza. |
| Contoh yang diperlukan | |
| Sampel DNA kecil cukup untuk analisis RAPD. | Sebilangan besar sampel DNA yang diekstrak diperlukan untuk analisis RFLP. |
| Masa | |
| RAPD adalah proses yang cepat. | RFLP adalah proses yang memakan masa. |
| Penggunaan Primer | |
| Primer rawak digunakan dan primer yang sama boleh digunakan untuk spesies yang berbeza. | Probe khusus spesies digunakan dalam RFLP untuk hibridisasi. |
| Kebolehpercayaan | |
| Kebolehpercayaan teknik kurang daripada RFLP. | RFLP adalah teknik yang boleh dipercayai. |
| Blotting | |
| RAPD melibatkan pembongkaran selatan. | Pembengkakan Selatan adalah satu langkah RFLP. |
| Pengesanan Variasi Allelic | |
| Variasi allelic tidak dapat dikesan oleh RAPD. | Variasi allelic dapat dikesan oleh RFLP. |
| Need for Sequence Knowledge | |
| RAPD tidak memerlukan pengetahuan urutan terdahulu. | Pengetahuan urutan terdahulu diperlukan untuk merekabentuk penyelidikan. |
| PCR | |
| PCR terlibat dengan RAPD | PCR tidak terlibat dengan RFLP. |
| Reproduktif | |
| RAPD mempunyai kebolehulangan yang rendah | RFLP mempunyai kebolehulangan yang tinggi berbanding dengan RAPD. |
Ringkasan - RAPD vs RFLP
RAPD dan RFLP adalah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekul. Kedua-dua kaedah ini mampu mengesan variasi genetik di kalangan organisma. RAPD dilakukan dengan menggunakan primer rawak. RFLP dilakukan menggunakan enzim sekatan tertentu. Kedua-dua kaedah menghasilkan profil DNA yang unik kepada organisma individu. RAPD terlibat sebanding beberapa langkah daripada RFLP. Tetapi ia menghasilkan hasil yang kurang boleh dipercayai dan boleh dihasilkan daripada RFLP. Ini adalah perbezaan utama antara RAPD dan RFLP.
Rujukan:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang, dan M. K. Slocum. "Perbandingan penanda genetik RAPD dan RFLP dalam menentukan persamaan genetik antara genotip Brassica oleracea L." TAG. Genetika teori dan penerapan. Theoretische und angewandte Genetik. Perpustakaan Perubatan Negara A.S., Mac 1994. Web. 12 Apr. 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey, dan Antoni Rafalski. "Perbandingan RFLP, RAPD, AFLP
Image Courtesy:
1. "Genotyping RFLP" Oleh (tidak diketahui) - Institut Kesihatan Nasional (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons
