Perbezaan Antara Sequencing Sequencing dan Sequence Generasi Seterusnya

The perbezaan utama antara penjujukan senapang patah dan jujukan generasi akan datang Urutan penjujukan senapang adalah satu kaedah penjujukan yang secara rawak memecah urutan DNA ke dalam serpihan kecil dan menyusun semula urutan dengan memerhati kawasan yang bertindih sementara Sequencing Generasi Next berikutnya (NGS) adalah kaedah canggih penjujukan genetik yang bergantung kepada elektroforesis kapilari.

Sequencing adalah proses yang menentukan urutan tepat nukleotida dalam gen, gugus gen, kromosom, dan genom lengkap. Ia sangat penting dalam kajian genomik, kajian forensik, virologi, biologi sistematik, diagnosis perubatan, bioteknologi dan dalam banyak bidang lain untuk menganalisis struktur dan fungsi gen dan pengenalpastian organisma. Selain itu, terdapat pelbagai jenis kaedah penjujukan yang tersedia. Sequencing Sequencing dan Next Generation Sequencing adalah dua kaedah maju di kalangan mereka.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah urutan Sequencing 
3. Apakah urutan urutan generasi seterusnya
4. Persamaan Antara Urutan Seismik dan Sequencing Generasi Seterusnya
5. Side by Side Comparison - Sequencing Sequencing vs Sequencing Generasi Berikutnya dalam Borang Tabular
6. Ringkasan

Apakah urutan Seismik?

Urutan penjejakan adalah kaedah penjujukan yang secara rawak memecah urutan DNA keseluruhan kromosom atau keseluruhan genom ke dalam banyak serpihan kecil dan menyusun semula urutan oleh komputer melalui memerhatikan urutan bertindih atau kawasan. Umumnya, genom mamalia adalah berstruktur kompleks dan lebih besar. Oleh itu, mereka sukar untuk menjejaki dengan mengklon kerana ia memakan masa. Penjujukan senapang adalah kaedah yang lebih cepat. Ia juga lebih murah untuk dilaksanakan. Oleh itu, saintis zaman moden bergantung kepada kaedah penjujukan senapang patah untuk menangani genom kompleks.

Rajah 01: Sequencing Shotgun

Prosedur penjujukan senapang adalah agak mudah. Ia bermula dengan memecah keseluruhan genom ke dalam pelbagai saiz dari pangkalan 20-kilo hingga pangkalan 300-kilo. Kemudian setiap dan setiap serpihan harus disusun dengan menggunakan kaedah penamatan rantai. Selepas sekuriti, adalah perlu untuk memasang serpihan dengan melihat kawasan bertindih menggunakan perisian komputer yang canggih. Pemetaan konvensional dan kloning urutan tidak diperlukan untuk kaedah ini. Selain itu, penggunaan peta genetik tidak berlaku dalam kaedah ini. Walau bagaimanapun, kerana tidak ada penggunaan peta genom yang sedia ada, kesilapan semasa pemasangan itu lebih cenderung berlaku. Ia adalah salah satu kelemahan utama kaedah ini. Selain itu, serpihan yang lebih pendek memberikan maklumat yang kurang unik bagi setiap yang dibaca dalam kaedah ini. Selain itu, penjujukan senapang patah gagal menghasilkan data yang cukup untuk menentukan urutan konsensus pada ketepatan standard yang diperlukan.

Walaupun mempunyai kelemahan yang disebutkan di atas, kaedah penjujukan senapang patah kini merupakan strategi yang paling cekap dan kos efektif untuk menjejaki genom mikroba, termasuk bakteria, virus, dan ragi. Ia adalah kerana genom mereka tidak mempunyai wilayah berulang yang sukar untuk urutan, dan ia mungkin untuk memasang genom ini dengan mudah ke dalam kromosom tanpa kesilapan.

Apakah urutan urutan generasi seterusnya?

Urutan Generasi Seterusnya (NGS) adalah istilah yang digunakan untuk merujuk kepada proses penjujukan tinggi moden. Ia menerangkan beberapa teknologi penjujukan moden yang berbeza yang merevolusikan kajian genomik dan Biologi Molekul. Teknik-teknik ini termasuk penjujukan Illumina, penjujukan Roche 454, penjujukan Ion Proton dan penjujukan SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection). Sistem NGS lebih cepat dan lebih murah. Empat kaedah penjujukan DNA utama digunakan dalam sistem NGS: pyrosequencing, penjujukan oleh sintesis, penjujukan oleh ligation dan urutan semikonduktor ion. Sebilangan besar helai DNA atau RNA (berjuta-juta) boleh diselaraskan secara selari oleh NGS. Ia membolehkan penjujukan seluruh genom organisma dalam tempoh masa yang singkat.

Rajah 02: Urutan Generasi Seterusnya

NGS mempunyai kelebihan yang berbeza. Ia adalah proses kelajuan tinggi, lebih tepat dan kos efektif yang boleh dilakukan dengan saiz sampel yang kecil. Oleh itu, ia membolehkan analisis keseluruhan genom manusia dalam eksperimen penjujukan tunggal. Tambahan pula, NGS boleh digunakan dalam kajian metagenomik, dalam mengesan variasi dalam genom individu kerana penyisipan dan penghapusan, dan lain-lain, dan dalam analisis ekspresi gen. Selain itu, NGS boleh menganalisis seluruh transkrip dari sejumlah besar tisu serentak. Oleh itu, NGS telah merevolusikan analisis transkrip.

Apakah Kesamaan Antara Penggaris Pistol dan Penjelmaan Generasi Seterusnya?

• Penjujukan senapang dan penjujukan generasi seterusnya adalah dua kaedah penjujukan genom.
• Kedua-dua kaedah adalah kaedah yang cepat.
• Selain itu, mereka adalah kaedah yang kos efektif.
• Mereka dapat menjejaki banyak serpihan DNA selari.

Apakah Perbezaan Antara Sequencing Sequencing dan Sequencing Generasi Seterusnya?

Penjujukan senapang dan penjujukan generasi seterusnya adalah dua teknik penjujukan canggih. Kaedah penjujukan senapang patah secara rawak memecahkan urutan DNA keseluruhan kromosom atau keseluruhan genom ke dalam banyak serpihan kecil dan menyusun semula urutan oleh komputer melalui memerhatikan urutan bertindih atau kawasan. Sebaliknya, Sequencing Generation Next (NGS) adalah istilah yang merujuk kepada proses penjujukan tinggi moden. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara penjujukan senapang patah dan penjujukan generasi seterusnya. Selanjutnya, penjujukan generasi akan datang adalah teknik yang bergantung kepada elektroforesis kapilari, sementara penjujukan senapang patah tidak bergantung. Oleh itu, ini juga perbezaan antara penjujukan senapang patah dan penjujukan generasi seterusnya. Lebih-lebih lagi, berbanding penjujukan senapang patah, penjujukan generasi seterusnya adalah sangat sensitif dan sangat tepat .

Ringkasan - Sequencing Sequencing vs Sequence Generation Next

Penjujukan pantulan dan penjujukan generasi seterusnya adalah dua kaedah penjujukan yang digunakan dalam penjujukan genom. Kedua-dua kaedah adalah kaedah yang cepat dan kos efektif. NGS berfungsi pada prinsip penjujukan berjuta-juta urutan serentak dengan cara yang cepat melalui sistem penjujukan. Sebaliknya, urutan senapang patah memerlukan pemecahan genom menjadi serpihan kecil dan penjujukan dan penggantian menggunakan urutan yang bertindih. Oleh itu, ini meringkaskan perbezaan antara penjujukan senapang patah dan penjujukan generasi seterusnya.

Rujukan:

1. "Genom Complex: Sequence Shotgun" Nature News, Nature Publishing Group, Available here.
2. Behjati, Sam, dan Patrick S Tarpey. "Apakah Kejadian Generasi Akan datang?" Arkib Penyakit di Kanak-kanak. Edisi Pendidikan dan Praktik, BMJ Publishing Group, Dis. 2013, Boleh didapati di sini.

Image Courtesy:

1. "Susunan urutan senapang genom keseluruhan berbanding penjujukan senapang patah Hierarchical" oleh Commins, J., Toft, C., Tambang, M. A. - "Kaedah Biologi Komputasi dan Aplikasi mereka kepada Genomik Comparative of Endocellular Symbiotic of Insects." Biol. Prosedur Dalam Talian (2009). Diakses melalui SpringerImages (CC BY-SA 2.5) melalui Wikimedia Commons
2. "HiSeq 2000" Oleh RE73 - Kerja sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Wikimedia Commons