Perbezaan Antara Keseragaman dan Identiti dalam Alignment Sequence

The perbezaan utama antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan adalah bahawa kesamaan adalah persamaan (kemiripan) di antara dua urutan dalam perbandingan sementara identiti adalah bilangan aksara yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berlainan.

Bioinformatik adalah bidang sains antara disiplin yang terutama melibatkan biologi molekul dan genetik, sains komputer, matematik, dan statistik. Penjajaran urutan adalah istilah utama dalam bioinformatik. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein disusun untuk mengenal pasti kawasan persamaan yang merupakan akibat hubungan fungsi, struktur atau evolusi antara urutan. Pada akhir penjajaran, mereka akan dibentangkan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan aksara identik dalam colo berturut-turut, jurang yang dimasukkan dimasukkan antara sisa-sisa.

KANDUNGAN

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah Kesamaan dalam Alignment Urutan
3. Apakah Identiti dalam Penjajaran Seutas
4. Kesamaan Antara Keseragaman dan Identiti dalam Penjajaran Sequence
5. Side by Side Comparison - Persamaan vs Identity dalam Sequence Alignment dalam Form Tabular
6. Ringkasan

Apa kesamaannya?

Kesamaan dalam penjajaran urutan adalah persamaan antara dua urutan apabila dibandingkan. Fakta ini bergantung pada identiti urutan. Kesamaan menggambarkan sejauh mana sisa-sisa itu sejajar. Oleh itu, urutan yang serupa mengandungi sifat yang sama. Dalam bioinformatik, persamaan adalah alat untuk menilai kesamaan antara dua protein.

Rajah 01: Kesamaan dalam Alignment Sequence

Terdapat dua langkah utama untuk proses penjajaran urutan. Langkah awal adalah penjajaran pasangan yang bijak, yang membantu mencari jajaran optimum antara dua jujukan (termasuk jurang) menggunakan algoritma seperti BLAST, FastA, dan LALIGN. Algoritma yang sepadan mendapati bilangan minimum operasi edit; in-dels dan penggantian untuk menyelaraskan satu urutan ke urutan yang lain. Selepas penjajaran pasangan yang bijak, perlu mendapatkan dua parameter kuantitatif dari setiap perbandingan pasangan yang bijak. Mereka adalah identiti dan keserupaan.

Apakah Identiti?

Identiti dalam penjajaran urutan adalah bilangan aksara yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berbeza. Justeru, jurang tidak dikira ketika menilai identiti. Pengukuran dianggap sebagai hubungan dengan urutan yang lebih pendek di antara dua urutan. Ia bermakna ia mempunyai kesan di mana identiti urutan tidak transitif. Sekiranya X = Y dan Y = Z, maka X tidak semestinya sama dengan Z. Ini disimpulkan dari segi ukuran jarak identiti.

Rajah 02: Identiti dalam Alignment Sequence

Sebagai contoh, X mempunyai urutan AAGGCTT, Y mempunyai urutan AAGGC dan Z mempunyai urutan AAGGCAT. Identiti antara X dan Y adalah 100% 5 nukleotida / min yang sama [panjang (X), panjang (Y)]. Identiti antara Y dan Z juga 100%. Tetapi identiti antara X dan Z hanya 85% (6 nukleotida yang sama / 7).

Apakah Kesamaan Antara Keperibadian dan Identiti dalam Penjajaran Urutan?

• Kedua-dua persamaan dan identiti adalah dua istilah yang kita gunakan dalam penjajaran urutan.
• Juga, mereka merujuk kepada persamaan antara kedua-dua urutan.
• Selain itu, kami menyatakannya sebagai nilai peratusan.

Apakah Perbezaan Antara Kesamaan dan Identiti dalam Alignment Sequence?

Kesamaan dalam penyelarasan menceritakan persamaan antara dua urutan apabila dibandingkan manakala identiti dalam penjajaran urutan memberitahu jumlah watak yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berlainan. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara kesamaan dan identiti dalam penjajaran urutan.

Ringkasan - Similarity vs Identity dalam Sequence Alignment

Penyelarasan urutan membantu mengenal pasti kawasan persamaan dalam DNA, RNA atau protein yang disebabkan oleh hubungan fungsi, struktur atau evolusi antara urutan. Oleh itu, persamaan dan identiti adalah dua istilah utama dalam konteks penjajaran urutan. Perbezaan utama antara kedua-dua istilah ini adalah kesamaan adalah persamaan antara dua urutan dalam perbandingan sementara identiti adalah bilangan aksara yang hampir sama antara dua urutan yang berbeza. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara keserupaan dan identiti dalam penjajaran urutan.

Rujukan:

1. "Identiti dan Kesamaan - Ukur Kuantitatif." Identiti dan Kesamaan - Langkah Kuantitatif, Boleh didapati di sini.
2. "Penjajaran Urutan." Penjajaran Urutan - Bioinformatics.Org Wiki, tersedia disini.

Image Courtesy:

1. "Phylogeny berasaskan penjajaran dan penyelarasan" Oleh Kolekar Pandurang - Kerja sendiri (CC BY 3.0) melalui Wikimedia Commons
2. "Keluaran sampel BLAST" Oleh Fdardel - Kerja sendiri (CC BY-SA 3.0) melalui Wikimedia Commons