Perbezaan Antara SYBR Green dan Taqman

Perbezaan Utama - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green dan Taqman adalah dua kaedah yang digunakan untuk mengesan atau menonton proses penguatan PCR masa nyata. SYBR Green adalah kaedah yang berasaskan pewarna asid nukleik yang menyamai manakala Taqman adalah kaedah yang berasaskan penyelidikan hidrolisis. Kedua-dua teknologi ini direka untuk menghasilkan pendarfluor semasa PCR, yang membolehkan mesin PCR masa nyata memantau tindak balas dalam "masa nyata". Kaedah hijau SYBR dilakukan menggunakan pewarna neon yang dipanggil hijau SYBR dan mengesan amplifikasi dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA terkandas ganda. Taqman dijalankan menggunakan probe dua label dan mengesan amplifikasi oleh penurunan probe oleh Taq polymerase dan melepaskan fluorophore. Inilah perbezaan utama antara SYBR Green dan Taqman.

KANDUNGAN
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu SYBR Green
3. Apa itu Taqman
4. Side by Side Comparison - SYBR Green vs Taqman
5. Ringkasan

Apa itu SYBR Green?

SYBR Green adalah pewarna neon yang digunakan untuk mencemarkan asid nukleat, terutamanya DNA terkandas dalam Biologi Molekul. Kaedah Green SYBR digunakan untuk mengukur nilai PCR semasa PCR masa nyata. Setelah ia mengikat DNA, kompleks DNA-dye yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang sengit. Ia berlaku kerana perubahan struktur yang berlaku dalam molekul pewarna apabila mengikat dengan DNA double-stranded. Apabila PCR mencipta lebih banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna mengikat dengan DNA, menghasilkan lebih banyak pendarfluor. Oleh itu, pendarfluor meningkat dengan pengumpulan produk PCR. Oleh itu, jumlah produk PCR boleh diukur secara kuantitinya oleh pengesanan pendarfluor SYBR Green.

Pewarna hijau SYBR juga boleh digunakan untuk pelabelan DNA dalam cytometry dan mikroskopi pendarfluor. Ethidium bromide telah berjaya digantikan oleh SYBR Green sejak Ethidium bromide adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pelupusan semasa penggambaran DNA dalam elektroforesis gel.

Terdapat kelebihan dan kekurangan kaedah hijau SYBR. Kaedah ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Bagaimanapun, disebabkan oleh keupayaannya untuk mengikat sebarang DNA double stranded, pengikatan tidak spesifik boleh membawa kepada kuantifikasi produk PCR.

Rajah 01: Teknik Hijau SYBR

Apa itu Taqman?

Taqman adalah kaedah alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR masa nyata. Kaedah ini bergantung kepada enzim Taq polimerase 5 '- 3' exonuclease untuk menurunkan kuar semasa pelanjutan helai baru dan pelepasan fluorofore. Probe dua berlabel digunakan dalam kaedah ini dan ia berdasarkan kepada hidrolisis probe. Probe adalah fluorescently labeled oligonucleotides DNA yang mempunyai molekul reporter fluorescent (fluorophore) pada akhir 5 'dan molekul penghapus pada akhir 3'. Ia direka bentuk untuk mengikat templat terkandas di seberang anneal primer. Taq polimerase menambah nukleotida ke primer dan memanjangkan untai baru ke atas probe dua berlabel. Setelah polimerase Taq memenuhi probe, tindakan exonuclease polimerase Taq mengaktifkan dan menurunkan probe. Apabila ia melengkapkan sintesis sehelai tali baru, siasatan itu akan mengalami kemerosotan dan melepaskan fluorophore. Pembebasan fluorofore menghasilkan pendarfluor. Molekul Fluorescent Quencher dengan cekap menghilangkan cahaya yang dipancarkan dan menghasilkan output untuk kuantifikasi produk PCR. Pembebasan fluorofores dan kuantiti produk PCR adalah berkadar. Oleh itu, kuantifikasi boleh dilakukan dengan mudah oleh kaedah Taqman.

Rajah 02: Kaedah Taqman

Kaedah Taqman digunakan dalam masa sebenar PCR, kuantifikasi ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, kuantifikasi penghapusan DNA kromosom, pengenalan bakteria, pengesahan analisis mikroarray, genotyping SNP dll.

Apakah perbezaan di antara SYBR hijau dan Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green adalah berdasarkan pewarna DNA yang mengikat.	Taqman bergantung kepada probe hibridisasi dan aktiviti exonuclease 5 'hingga 3' Taq polimerase.
Percubaan Berwarna Fluorescently
Tiada pemeriksaan berlabel fluorescen tidak diperlukan.	Diperlukan dwi-berlabel.
Analisis Gen Multiplex
Ia tidak boleh digunakan untuk sasaran gen multipleks.	Ia boleh digunakan untuk sasaran gen multipleks.
Kos
Ini lebih murah.	Ini lebih mahal.
Spesifikasi
Ini adalah kurang spesifik dan mengikat dengan mana-mana DNA dua helai	Ini adalah sangat khusus kerana probe mengesan produk penguatan tertentu.
Keberkesanan
Ini kurang berkesan.	Ini sangat berkesan.
Permohonan
Ini digunakan dalam PCR masa nyata, visualisasi gel agarose, pelabelan DNA dan lain-lain.	Ini digunakan dalam PCR masa nyata, kuantifikasi ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, dan lain-lain.

Ringkasan - SYBR Green and Taqman

Taqman dan hijau SYBR adalah dua kaedah yang digunakan dalam PCR masa nyata (PCR kuantitatif). Kedua-dua kaedah ini membolehkan pengalkalian produk PCR dengan cekap dan bergantung pada pelepasan pendarfluor. Kaedah Taqman menggunakan kuar dwi-berlabel untuk mengesan DNA terkumpul sementara kaedah SYBR Green menggunakan pewarna neon. Kedua-dua kaedah ini juga mempunyai aplikasi yang berlainan dalam biologi molekul.

Rujukan:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour, dan Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Perbandingan kaedah SYBR Hijau dan TaqMan dalam analisis tindak balas rantai polimer masa sebenar kuantitatif empat subtipe penerima reseptor adenosin." Advanced Biomedical Research. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Mac 2017.
2. "Prinsip dasar PCR masa nyata." Real Time PCR, Kuantitatif (qPCR), Primer & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 Mac 2017.
3. "SYR hijau dan lain-lain pewarna PCR masa nyata." Biocompare. N.p., Apr. 2010. Web. 14 Mac 2017

Image Courtesy:
1. "PCR dengan SYBR hijau" By -Ygonaar 23:09, 7 Mac 2006 (UTC) - Graf ini dicipta oleh Ygonaar dengan titik Kuasa, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Pengguna: Braindamaged - Kerja sendiri (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons