Fat32 dan NTFS dicipta untuk mengesan semua fail dalam cakera keras. Fat (Sistem Peruntukan Fail) yang dicipta oleh Bill Gates dan Marc McDonald, adalah yang lebih tua dari kedua-dua mereka dan telah mengalami banyak perubahan sejak penampilan pertama pada tahun 1977. Nombor itu menandakan bilangan bit yang diperlukan untuk mengesan fail. Fat16 telah menjadi standard untuk beberapa ketika sehingga cakera keras dengan kapasiti lebih besar dari 4GB tiba di pasaran, di mana titik Fat32 diciptakan.
Sebaliknya sistem fail NTFS dilahirkan dari sistem fail HPFS yang digunakan oleh OS / 2, kerjasama IBM dan microsoft. Apabila perjanjian tidak ditolak, beberapa ciri dalam HPFS muncul dalam NTFS apabila ia muncul untuk platform Windows NT. Sejak itu, ia telah dibangunkan dan muncul dalam versi Windows yang lebih baru seperti XP, Vista, dan tidak lama lagi akan dikeluarkan Windows 7. Microsoft memegang paten kepada NTFS dan dengan itu tidak mendedahkan sebarang butiran berkaitan dengan sistem fail yang membuat pemacu NTFS sahaja boleh dibaca kepada sistem Windows untuk masa yang lama, walaupun sudah ada beberapa pelaksanaan linux yang mampu mengakses pemacu NTFS tetapi tanpa ciri-ciri yang menonjol.
Fat32 adalah sistem yang sangat sederhana dan mudah dibongkar yang juga sangat didokumenkan. Ia tidak benar-benar melakukan apa-apa selain mengesan di mana fail terletak. Itulah sebabnya ia telah menjadi sistem fail pilihan untuk kebanyakan medium penyimpanan mudah alih seperti pemacu denyar, pemain mp3, dan kad memori.
Sistem fail NTFS agak bertentangan, menawarkan pelbagai peningkatan yang tidak hanya meningkatkan prestasi tetapi juga keselamatannya. Salah satunya adalah mampatan fail telus yang secara automatik memampatkan fail apabila ia ditulis ke cakera. Ini berpotensi membebaskan ruang cakera tetapi fail mungkin mengambil sedikit masa untuk memuatkan. Satu lagi adalah kuota disk di mana pentadbir sistem boleh menentukan berapa banyak cakera pengguna tertentu yang boleh digunakan.
Memilih antara sistem fail NTFS dan FAT32 adalah tugas yang agak mudah. Ringkasnya, NTFS adalah pilihan yang lebih baik apabila anda ingin menggunakannya pada sistem komputer tingkap. Bukan sahaja kerana peningkatan kelajuan tetapi juga kerana pelbagai ciri. Ia tidak dianjurkan walaupun untuk media mudah alih kerana kebanyakan peranti dan sistem operasi lain mempunyai kesukaran atau tidak dapat mengakses cakera NTFS.