Pada masa lalu, archaea dikelaskan sebagai bakteria dan dipanggil archaebacteria. Tetapi ia mendapati bahawa archaea mempunyai sejarah evolusi dan biokimia yang berbeza berbanding dengan
Sehingga pertengahan abad ke-20, ahli biologi mengelaskan semua makhluk hidup sama ada sebagai tumbuhan atau haiwan. Tetapi sistem ini gagal menampung kulat, protikan dan bakteria. Jadi pada tahun 1970-an, sistem klasifikasi berkembang menjadi apa yang dikenali sebagai Lima Kerajaan - prokariot (bakteria) dan eukariota (tumbuh-tumbuhan, haiwan, kulat, protista). Eukariot dicirikan oleh kehadiran nukleus, sitoskeleton, dan membran dalaman dalam sel-sel mereka.
Pada akhir 1970-an, Dr. Carl Woese dan rakan-rakannya di University of Illinois mengenal pasti sekumpulan mikroorganisma yang solek genetiknya jauh berbeza daripada bakteria lain. Jadi mereka membahagi kehidupan prokariotik ke dalam apa yang mereka panggil archaeabacteria dan eubacteria. Walau bagaimanapun, mereka kemudian membuat kesimpulan bahawa "archaeabacteria" cukup berbeza untuk tidak menjadi bakteria sama sekali. Maka kumpulan-kumpulan itu dinamakan semula archaea dan bakteria.
Pohon kehidupan menunjukkan klasifikasi semua organisma hidup.Kedua-dua arkea dan eubacteria adalah serupa dengan bentuk dan saiznya. Kedua-duanya didapati berlaku sebagai rod, cocci, spiral, piring, atau bergelung.
Struktur sel umum archaea dan bakteria adalah sama tetapi komposisi dan organisasi beberapa struktur berbeza di arkea. Sama seperti bakteria, archaea tidak mempunyai membran dalaman tetapi kedua-duanya mempunyai dinding sel dan menggunakan flagella untuk berenang.
Archaea berbeza dalam fakta bahawa dinding sel mereka tidak mengandungi peptidoglycan dan membran sel menggunakan lipid berkaitan eter berbanding dengan lipid berkaitan ester dalam bakteria.
Archaea flagella berevolusi dari jenis bakteria IV pili manakala flagella bakteria berkembang dari sistem sekresi jenis III. Flagellum bakteria adalah seperti tangkai yang berongga dan dipasang oleh subunit yang bebas bergerak ke atas liang pusat sambil menambah pada hujung flagella manakala di subunit archaea flagella ditambahkan ke pangkalan.
Archaea membiakkan asexually dengan proses pembelahan binari, tunas dan pemecahan. Eubacteria mereproduksi secara aseksual melalui pembelahan binari, tunas, pemecahan, tetapi eubacteria mempunyai keupayaan yang unik untuk membentuk spora untuk kekal tidak bertahun-tahun, sifat yang tidak dipamerkan oleh Archaea. Pertumbuhan bakteria berikut dalam tiga fasa, fasa lag apabila sel menyesuaikan diri dengan persekitaran baru, fasa log menandakan pertumbuhan eksponen dan fasa pegun apabila nutrien habis.
Archaea boleh bertahan dalam persekitaran yang melampau dan keras seperti mata air panas, tasik garam, tanah rawa, lautan, usus ruminan dan manusia. Eubacteria terdapat di mana-mana dan terdapat di dalam tanah, mata air panas, air sisa radioaktif, kerak Bumi, bahan organik, mayat tumbuhan dan haiwan dll.